乾隆三十八年（1773年），《四庫全書》的編纂工作在清高宗親自主持下廣泛展開。經(jīng)劉統(tǒng)勛舉薦，紀(jì)昀和陸錫熊出任總纂官。在纂修《四庫全書》期間，紀(jì)昀曾得到過乾隆帝的許多賞賜，但也遇到很多麻煩。一次，乾隆帝發(fā)現(xiàn)閻若璩《古文尚書疏證》中“有引李清、錢謙益諸說未經(jīng)刪削者”，而這部書當(dāng)初是紀(jì)昀親自校理的。于是龍顏大怒，專諭詰責(zé)紀(jì)昀：“何以并未刪去？”令其速“刪改換篇”，并“自行賠寫”。乾隆四十五年（1780年），《四庫全書》復(fù)校完成，后發(fā)現(xiàn)大量訛誤，乾隆帝又“令紀(jì)昀、陸錫熊兩人一體分賠”。
乾隆四十六年（1781年）十二月六日，第一部《四庫全書》終于抄繕告成。紀(jì)昀為此專門寫了《欽定四庫全書告成恭進(jìn)表》，后收入《四庫全書》卷首。全文條分縷析，詞采飛揚，富麗精湛，被稱為“集中第一篇大文字”。第二部《四庫全書》完成于次年十一月，第三部完成于四十八年十一月，第四部完成于四十九年十一月。這即是內(nèi)四閣《四庫全書》。這四部全書當(dāng)時分藏于大內(nèi)（紫金城）文淵閣、圓明園文源閣、避暑山莊（承德）文津閣及盛京（沈陽）故宮文溯閣。歷史戰(zhàn)火把文源閣的那一部化為了灰燼，其他三部現(xiàn)分別見于臺灣故宮博物院、甘肅省圖書館和北京圖書館。南三閣《四庫全書》后分藏于揚州大觀堂文匯閣、鎮(zhèn)江金山寺文宗閣和杭州圣因寺之文瀾閣。同樣由于歷史戰(zhàn)火的原因，揚州、鎮(zhèn)江的那兩部皆付之一炬，現(xiàn)僅杭州的那部尚殘缺不全地存于浙江省圖書館。
乾隆五十八年（1793年），紀(jì)昀又殫十年之力，編纂了《四庫全書總目提要》。在編纂《四庫全書》時，當(dāng)時各纂修官每校閱一種書籍，便要撰寫一篇提要，最后由紀(jì)昀、陸錫熊筆削考校、再三潤飾。陸錫熊死得較早，主要工作是紀(jì)昀完成的。因此，《四庫全書總目提要》可視為紀(jì)昀學(xué)術(shù)文化思想的代表性文獻(xiàn)。當(dāng)時的大學(xué)者朱?在《紀(jì)曉嵐墓志銘》中就說：“公館書局，筆削考核，一手刪定為《全書總目》”（《知足齋文集》卷六）；江藩《國朝漢學(xué)師承記》亦云：“公一生精力，萃于《提要》一書”；張維屏《聽松廬文鈔》亦稱：“文達(dá)一生精力，具見于《四庫全書提要》，又何必更著書！”
紀(jì)昀主持編纂的《四庫全書》，對保存和整理我國古代文化遺產(chǎn)功不可沒。全書共收錄各種書籍達(dá)3503種，79337卷，存目達(dá)6783種。其中有380多種佚書是經(jīng)過眾多學(xué)者長期搜集失而復(fù)得的珍品。還有不少書籍，經(jīng)過艱苦的考訂而恢復(fù)了原貌。酈道元的《水經(jīng)注》，便是經(jīng)戴震精心研究而使長期混淆的“經(jīng)”與“注”得以區(qū)別開來的。《四庫全書總目提要》頗有思想學(xué)術(shù)價值，介紹著錄與存目書籍，寫明作者名姓、所處時代、該書要旨和基本評價，是一部非常優(yōu)秀的目錄學(xué)著作。清人周中孚《鄭堂讀書記》卷三十二曾這樣評價《四庫提要》：“竊謂自漢以后薄錄之書，無論官撰私著，凡卷第之繁富，門類之允當(dāng)，考證之精審，議論之公平，莫有過于是編。”積平生精力研讀《四庫提要》的余嘉錫亦全面肯定其應(yīng)有的學(xué)術(shù)價值：“嘉（慶）、道（光）以后，通儒輩出，莫不資其津逮，奉作指南，功既巨矣，用亦弘矣。”（《四庫提要辯證·序錄》）
但由于《四庫全書》的編纂是一種官方行為，編纂指導(dǎo)思想受政治目的所左右，所以著錄的書籍并非兼收并蓄，而有著嚴(yán)格的取舍標(biāo)準(zhǔn)。這在《四庫全書》卷首的《圣諭》中說得很清楚。他們在對古代書籍進(jìn)行輯佚、校勘、考辨等整理的同時，也在干著對不利于清朝的一些書籍進(jìn)行銷毀、刪削或改易的不光彩勾當(dāng)；在鉤沉、輯佚、保存古籍的同時，也在破壞、摧殘文化。其結(jié)果，不僅使許多具有珍貴史料價值的書籍遭到摒棄，而且使收錄的一部分書籍尤其是宋元以后的許多具有異端色彩的書籍失去了原貌。從此意義上說，也是一次文化浩劫。如對明代李贄的言論，清政府就不僅把他的著作列為焚毀書目，而且直斥李贄“非圣無法，敢為異端”，“為小人無忌憚之尤”。（《四庫提要》卷五十史部·別史類存目《藏書》提要）再如對屈大均等那些強烈抵觸清朝人的作品，自然盡在銷毀之列；至于偶有一二語傷觸清朝而又氣節(jié)凜然的明代遺民作品，則稍加“酌改”即為我所用。（《清高宗實錄》卷1095）其政治目的是顯而易見的。據(jù)官方上報的數(shù)字統(tǒng)計，在編纂《四庫全書》期間，銷毀、抽毀的書目多達(dá)2600多種，其實際情況恐怕還不止這個數(shù)字。
乾隆四十六年（1781年）十二月六日，第一部《四庫全書》終于抄繕告成。紀(jì)昀為此專門寫了《欽定四庫全書告成恭進(jìn)表》，后收入《四庫全書》卷首。全文條分縷析，詞采飛揚，富麗精湛，被稱為“集中第一篇大文字”。第二部《四庫全書》完成于次年十一月，第三部完成于四十八年十一月，第四部完成于四十九年十一月。這即是內(nèi)四閣《四庫全書》。這四部全書當(dāng)時分藏于大內(nèi)（紫金城）文淵閣、圓明園文源閣、避暑山莊（承德）文津閣及盛京（沈陽）故宮文溯閣。歷史戰(zhàn)火把文源閣的那一部化為了灰燼，其他三部現(xiàn)分別見于臺灣故宮博物院、甘肅省圖書館和北京圖書館。南三閣《四庫全書》后分藏于揚州大觀堂文匯閣、鎮(zhèn)江金山寺文宗閣和杭州圣因寺之文瀾閣。同樣由于歷史戰(zhàn)火的原因，揚州、鎮(zhèn)江的那兩部皆付之一炬，現(xiàn)僅杭州的那部尚殘缺不全地存于浙江省圖書館。
乾隆五十八年（1793年），紀(jì)昀又殫十年之力，編纂了《四庫全書總目提要》。在編纂《四庫全書》時，當(dāng)時各纂修官每校閱一種書籍，便要撰寫一篇提要，最后由紀(jì)昀、陸錫熊筆削考校、再三潤飾。陸錫熊死得較早，主要工作是紀(jì)昀完成的。因此，《四庫全書總目提要》可視為紀(jì)昀學(xué)術(shù)文化思想的代表性文獻(xiàn)。當(dāng)時的大學(xué)者朱?在《紀(jì)曉嵐墓志銘》中就說：“公館書局，筆削考核，一手刪定為《全書總目》”（《知足齋文集》卷六）；江藩《國朝漢學(xué)師承記》亦云：“公一生精力，萃于《提要》一書”；張維屏《聽松廬文鈔》亦稱：“文達(dá)一生精力，具見于《四庫全書提要》，又何必更著書！”
紀(jì)昀主持編纂的《四庫全書》，對保存和整理我國古代文化遺產(chǎn)功不可沒。全書共收錄各種書籍達(dá)3503種，79337卷，存目達(dá)6783種。其中有380多種佚書是經(jīng)過眾多學(xué)者長期搜集失而復(fù)得的珍品。還有不少書籍，經(jīng)過艱苦的考訂而恢復(fù)了原貌。酈道元的《水經(jīng)注》，便是經(jīng)戴震精心研究而使長期混淆的“經(jīng)”與“注”得以區(qū)別開來的。《四庫全書總目提要》頗有思想學(xué)術(shù)價值，介紹著錄與存目書籍，寫明作者名姓、所處時代、該書要旨和基本評價，是一部非常優(yōu)秀的目錄學(xué)著作。清人周中孚《鄭堂讀書記》卷三十二曾這樣評價《四庫提要》：“竊謂自漢以后薄錄之書，無論官撰私著，凡卷第之繁富，門類之允當(dāng)，考證之精審，議論之公平，莫有過于是編。”積平生精力研讀《四庫提要》的余嘉錫亦全面肯定其應(yīng)有的學(xué)術(shù)價值：“嘉（慶）、道（光）以后，通儒輩出，莫不資其津逮，奉作指南，功既巨矣，用亦弘矣。”（《四庫提要辯證·序錄》）
但由于《四庫全書》的編纂是一種官方行為，編纂指導(dǎo)思想受政治目的所左右，所以著錄的書籍并非兼收并蓄，而有著嚴(yán)格的取舍標(biāo)準(zhǔn)。這在《四庫全書》卷首的《圣諭》中說得很清楚。他們在對古代書籍進(jìn)行輯佚、校勘、考辨等整理的同時，也在干著對不利于清朝的一些書籍進(jìn)行銷毀、刪削或改易的不光彩勾當(dāng)；在鉤沉、輯佚、保存古籍的同時，也在破壞、摧殘文化。其結(jié)果，不僅使許多具有珍貴史料價值的書籍遭到摒棄，而且使收錄的一部分書籍尤其是宋元以后的許多具有異端色彩的書籍失去了原貌。從此意義上說，也是一次文化浩劫。如對明代李贄的言論，清政府就不僅把他的著作列為焚毀書目，而且直斥李贄“非圣無法，敢為異端”，“為小人無忌憚之尤”。（《四庫提要》卷五十史部·別史類存目《藏書》提要）再如對屈大均等那些強烈抵觸清朝人的作品，自然盡在銷毀之列；至于偶有一二語傷觸清朝而又氣節(jié)凜然的明代遺民作品，則稍加“酌改”即為我所用。（《清高宗實錄》卷1095）其政治目的是顯而易見的。據(jù)官方上報的數(shù)字統(tǒng)計，在編纂《四庫全書》期間，銷毀、抽毀的書目多達(dá)2600多種，其實際情況恐怕還不止這個數(shù)字。
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