顧炎武被稱作是清朝“開國儒師”、“清學開山”始祖，是著名經學家、史地學家、音韻學家。他一生輾轉，行萬里路，讀萬卷書，開創一種新的治學門徑，成為清初繼往開來的一代思想家。他提倡經世致用，反對空談，注意廣求證據。著有《日知錄》、《肇域志》、《音學五書》、《亭林詩文集》等。
顧炎武出身于江東望族，明末家道中落。他14歲取得諸生資格后，便與同里摯友歸莊共入復社。自27歲起，斷然棄絕科舉帖括之學，遍覽歷代史乘、郡縣志書，以及文集、章奏之類，輯錄其中有關農田、水利、礦產、交通等記載，兼以地理沿革的材料，開始撰述《天下郡國利病書》和《肇域志》。
明亡，與歸莊等人以匡復故明為志，在南明政權下兩次參加武裝抗清斗爭并決意不與清 廷合作。康熙十七年（1678），清廷議修《明史》，拒不就薦；次年，更誓死不入《明史》館。此后，客居山西、陜西，潛心著述不再入世。
在北游的二十余年中，顧炎武遍游河南、河北、山東、山西、陜西，以二馬二騾載書自隨，行了萬里路，也讀了萬卷書。顧炎武學識淵博，在經學、史學、音韻、小學、金石考古、方志輿地以及詩文諸學上，都有較深造詣，建樹了承前啟后之功。他繼承明季學者的反理學思潮，不僅對陸王心學作了清算，而且在性與天道、理氣、道器、知行、天理人欲諸多范疇上，都顯示了與程朱理學迥異的為學旨趣。
顧炎武為學以經世致用的鮮明旨趣，樸實歸納的考據方法，創辟路徑的探索精神，以及他在眾多學術領域的成就，宣告了晚明空疏學風的終結，開啟了一代樸實學風的先路，給予清代學者以極為有益的影響。
顧炎武還提倡“利國富民”，并認為“善為國者，藏之于民”。他大膽懷疑君權，并提出了具有早期民主啟蒙思想色彩的“眾治”的主張。他所提出的“天下興亡，匹夫有責”這一口號，意義和影響深遠，成為激勵中華民族奮進的精神力量。
顧炎武終身為反清事業奮斗奔波，這與國破家亡的經歷和他一直受到的良好教育有著密切關系。“昆山城陷，死難者四萬余人，顧炎武的生母何氏被清兵砍去右臂，兩個弟弟遭殺害，好友吳其沆也被捕蒙難。顧炎武奉嗣母王氏避兵于常熟，王氏聞城陷，絕食十五天死節，臨終時給顧炎武留下遺言：‘我雖婦人，身受國恩，與國俱亡，義也。汝無為異國臣子，無負世世國恩，無忘先祖遺訓，則吾可以瞑于地下。’”
1680年，顧炎武夫人死于昆山，他在妻子的靈位前痛哭祭拜，作詩說“貞姑馬鬣在江村，送汝黃泉六歲孫。地下相逢告父姥，遺民猶有一人存。”
顧炎武有詩：“萬事有不平，爾何空自苦；長將一寸身，銜木到終古？我愿平東海，身沉心不改；大海無平期，我心無絕時。”也就是說，他希望清朝滅亡，就如同精衛想平東海一樣，“身沉心不改；大海無平期，我心無絕時。” “嗚呼！君不見，西山銜木眾鳥多，鵲來燕去自成窠。”
明末
崇禎十七年（14）三月，李自成農民軍入北京，崇禎皇帝自縊；五月，清睿親王多爾袞入北京；十月，清定都北京，世祖福臨即帝位，改元順治，命豫親王多擇率大軍征服江南。明南京兵部尚書史可法（字完之，河南開封人）、鳳陽總督馬士英（字瑤草，貴州貴陽人）等擁立福王由崧為帝，五月初，在南京建立了小朝廷，年號弘光。
京師陷落的消息傳到江南，一時人心惶惶，為避戰亂，顧炎武率家人東躲西藏，到年底，遷往高舊居80余里的語濂經暫住。經昆山縣令楊永言（字岑立，云南昆明人）舉薦，行朝詔用炎武為兵部司務。
“須知六軍出，一掃定神州。”（《亭林詩集》一，《感事》）顧炎武把復仇的希望寄托在弘光小朝廷之上，他滿腔熱忱，“思有所建白”（吳映奎《顧亭林先生年譜》），撰成《軍制論》、《形勢論》、《田功論》、《錢法論》，即著名的“乙西四論”，為行朝出謀畫策，針對南京政權軍政廢弛及明末種種弊端，從軍事戰略、兵力來源和財政整頓等方面提出一系列建議。順治二年（15）五月，顧炎武取道鎮江赴南京就職，尚未到達，南京即為清兵攻占，弘光帝被俘，南明軍崩潰，清軍鐵騎又指向蘇、杭。
其時，江南各地抗清義軍紛起。顧炎武和摯友歸莊、吳其沆（字同初，上海嘉定人）投筆從戎，參加了僉都御史王永柞為首的一支義軍。諸義軍合謀，擬先收復蘇州，再取杭州、南京及沿海，一時“戈矛連海外，文檄動江東”（《亭林詩集》一，《千里》）；惜乎殘破之余，實不敵氣焰正熾的八旗精銳，義軍攻進蘇州城即遇伏而潰，松江、嘉定亦相繼陷落。顧炎武潛回昆山，又與楊永言、歸莊等守城拒敵；不數日昆山失守，死難者多達4萬，吳其沆戰死，炎武生母何氏右臂被清兵砍斷，兩個弟弟被殺，炎武本人則因城破之前已往語濂徑而僥幸得免。9天后，常熟陷落，炎武嗣母王氏聞變，絕食殉國，臨終囑咐炎武，說：“汝無為異國臣子，無負世世國恩，無忘先祖遺訓，則吾可以瞑于地下。”（《先妣王碩人行狀》）炎武悲憤欲絕，將母親的遺命謹記心田。
這年閏六月，明宗室唐王幸鍵在福州稱帝，年號隆武。經大學士路振飛（字見白，號皓月，河北曲周人）推薦，隆武帝遙授炎武為兵部職方司主事；由于嗣母新喪，炎武二時難以赴任，只能“夢在行朝執戟班”（《詩集》一，《延平使至》），但他仍然積極投身入抗清復明的斗爭。
當時，清松江提督與巡撫土國寶不和。前明兵科給事中陳子龍（字臥于，復社名士，松江人）、成安府推官顧咸正（字端木，昆山人）、兵部主事楊延樞（字維斗，江蘇吳縣人）等暗中策動吳勝兆舉義反正，咸正為炎武同宗長輩，陳子龍等都與炎武往來密切，這件事炎武也是參預了的。順治四年（17）夏，事情敗露， “幾事一不中，反覆天地黑”；（《詩集》一，《哭陳太仆》），勝兆被解往南京斬首，清廷大肆搜捕同案諸人。子龍往投炎武，炎武當時已離家出亡；于是子龍逃入顧咸正之子天遴、天逵家躲藏，不久三人即被逮，炎武多方營救，未能奏效。其間，炎武還往尋成正，“扁舟來勸君：行矣不再計”（《詩集》一，《哭顧推官》）、催促他及時出走，而咸正不聽。結果，陳子龍乘差官不注意時投水自盡，楊延樞及顧氏父子先后遇害，受此案株連而死者40余人。
在策動吳勝兆反正的同時，炎武還進行了其他一些活動。順治三年（16），炎武本打算赴福建就職方司主事之任，大約將行之際，路振飛派人與他聯系，要他聯絡“淮徐豪杰”。此后四五年中，炎武“東至海上，北至王家營（今屬江蘇淮陰），仆仆往來”（鄧之誠《清詩紀事》），奔走于各股抗清力量之間，“每從淮上歸，必詣洞庭（按即太湖）告振飛之子澤溥，或走海上，謀通消息”（同上），意圖糾合各地義軍伺機而動。
雖然弘光及閩浙沿海的隆武等南明政權先后瓦解，炎武親身參與的抗清活動也一再受挫，但是，炎武并未因此而頹喪。他以填海的精衛自比：“萬事有不平，爾何空自苦，長將一寸身，銜木到終古。我愿平東海，身沉心不改，大海無平期，我心無絕時”（《詩集》一，《精衛》），滿腔忠憤，不能自已。
清初
當崇禎末年，炎武嗣祖紹芾及兄長顧緗（字遐篆）先后去世，又逢吳中大旱，“一時喪荒賦徭猖集”（歸莊《送顧寧人北游序》），炎武無奈，曾將祖產田 800畝賤價典給昆山豪族葉方恒（字嵋初）；其時，炎武的堂叔等人為爭奪遺產，又挑起家難，他們還與本來就蓄意侵吞炎武家產的葉氏內外勾結，炎武在昆山千墩的故唐和在常熟語濂徑的住所曾幾次被這伙人洗劫及縱火焚燒。到順治七年（1650），葉方恒又企圖加害顧炎武，炎武為了避禍，只得“稍稍去鬢毛，改容作商賈”（《詩集》二，《流轉》），離開昆山出走。此后五年中，他都在吳、會之間奔波往來。
盡管遁跡商賈，炎武依然心存故國，時時關注著沿海一帶抗清斗爭的進展情況，希望能有建功立業的機會。他在《流轉》詩中寫道：“……晨上北固樓，慨然涕如雨……浩然思中原，誓言向江滸。功名會有時，杖策追光武。”當張名振（字候服，南京人）于順治十年（1653）九月在長江口大破清兵，進屯崇明（今屬上海），明年正月，又率“海艦數百”溯長江而上，直抵鎮江，并登金山遙祭孝陵（明太祖朱元璋陵，在今南京中華門外）之際，炎武為之歡忭鼓舞，他興奮地寫道：“東風吹江水，一夕向西流。金山忽動搖，塔鈴語不休。水軍十一萬，虎嘯臨皇州。巨艦作大營，飛艫為前茅。黃旗亙長江，戰鼓出中洲……沉吟十年余，不見旌旆浮，忽聞王旅來，先聲動燕幽。闔閭用子胥，鄢郢不足收。祖生奮擊揖，肯效南冠囚。愿言告同袍，乘時莫淹留。”（《詩集》二，《金山》）
這一時期，顧炎武還同歸莊、陳忱（字遐心，浙江吳興人）、吳炎（字赤溟，江蘇吳江人）、潘檉章（字力田，吳江人）、王錫闡（字寅旭，吳江人）等共結驚隱詩社，表面上以“故國遺民”“優游文酒”（汪曰楨《南潯縝志》），其實是以詩社為掩護，秘密進行抗清活動。炎武在淮安結識定交的摯友王略（字起田，淮安人）、萬壽祺（字年少，徐州人）也都是富有民族氣節的志士。
順治十一年（1654）春，顧炎武遷居南京神烈山南麓。神烈山即鐘山，三國時改名蔣山，明嘉靖中又一度改稱神烈山。三百年前，朱元璋攻克南京（當時名集慶），以此為根據地，東征西討，10余年后在南京即帝位，建立了大明帝國。炎武“遍游沿江一帶，以觀舊都畿輔之盛”（《神道表》），山川依然而人事全非，頗有不勝今昔之感。
順治十二年（1655）春季，炎武回到家鄉昆山。原來，顧氏有世仆名陸恩，因見顧家日益沒落，炎武又久出不歸，于是背叛主人，投靠葉方恒，兩人且圖謀以“通海”（即與閩浙沿海的南明集團有聯系）的罪名控告炎武，打算置之死地。炎武回昆山，秘密處決陸恩，而葉方恒又與陸之婿勾結，私下將炎武綁架關押，并迫脅炎武，令其自裁。一時“同人不平”，士林大嘩。所幸炎武知友路澤博（字蘇生）與松江兵備使者有舊，代為說項，炎武一案才得以移交松江府審理，最后，以“殺有罪奴”的罪名結案。
當事情危急之際，歸莊計無所出，只好向錢謙益求援。謙益字受之，號牧齋，常熟人，順治初曾任禮部右侍郎，是當時文壇領袖。錢氏聲言：“如果寧人是我門生，我就方便替他說話了。”歸莊不愿失去錢氏這一奧援，雖然明知炎武不會同意，還是代炎武拜謙益為師。炎武知道后，急忙叫人去索回歸莊代書的門生帖子，而謙益不與；便自寫告白一紙，聲明自己從未列于錢氏門墻，托人在通衢大道上四處張貼。謙益大為尷尬，解嘲道：“寧人忒性急了！”炎武耿介不阿的性格于此可見。
十三年（1656）春，炎武出獄。盡管歸莊等同邑知名之士極力排解，而葉方恒到此時仍不甘心，竟派遣刺客跟蹤。仲夏，炎武返鐘山，行經南京太平門外時突遭刺客襲擊，“傷首墜驢”，幸而遇救得免；嗣后，葉方恒還指使歹徒數十人洗劫炎武之家，“盡其累世之傳以去”（歸莊《送顧寧人北游序》）。這之前的幾年當中，炎武曾數次準備南下，赴福建參加沿海地區風起云涌的抗清復明事業，但由于各種原因，最終都未能成行；至此，炎武決計北游，以結納各地抗清志士，考察北中國山川形勢，徐圖復明大業。遠行避禍當然也是一個原因。
順治十四年（1657）元旦，炎武晉謁孝陵--7年之間，炎武共六謁孝陵，以寄故國之思，然后返昆山，將家產盡行變賣，從此掉首故鄉，一去不歸。是年炎武45歲。此后20多年間，炎武子然一身，游蹤不定，足跡遍及山東、河北、山西、河南，“往來曲折二三萬里，所覽書又得萬余卷”（《亭林佚文輯補·書楊彝萬壽棋（為顧寧人征天下書籍啟）后》），結識了許多志同道合的朋友；到晚年，始定居陜西華陰，直至1682年2月15日逝世。
顧炎武出身于江東望族，明末家道中落。他14歲取得諸生資格后，便與同里摯友歸莊共入復社。自27歲起，斷然棄絕科舉帖括之學，遍覽歷代史乘、郡縣志書，以及文集、章奏之類，輯錄其中有關農田、水利、礦產、交通等記載，兼以地理沿革的材料，開始撰述《天下郡國利病書》和《肇域志》。
明亡，與歸莊等人以匡復故明為志，在南明政權下兩次參加武裝抗清斗爭并決意不與清 廷合作。康熙十七年（1678），清廷議修《明史》，拒不就薦；次年，更誓死不入《明史》館。此后，客居山西、陜西，潛心著述不再入世。
在北游的二十余年中，顧炎武遍游河南、河北、山東、山西、陜西，以二馬二騾載書自隨，行了萬里路，也讀了萬卷書。顧炎武學識淵博，在經學、史學、音韻、小學、金石考古、方志輿地以及詩文諸學上，都有較深造詣，建樹了承前啟后之功。他繼承明季學者的反理學思潮，不僅對陸王心學作了清算，而且在性與天道、理氣、道器、知行、天理人欲諸多范疇上，都顯示了與程朱理學迥異的為學旨趣。
顧炎武為學以經世致用的鮮明旨趣，樸實歸納的考據方法，創辟路徑的探索精神，以及他在眾多學術領域的成就，宣告了晚明空疏學風的終結，開啟了一代樸實學風的先路，給予清代學者以極為有益的影響。
顧炎武還提倡“利國富民”，并認為“善為國者，藏之于民”。他大膽懷疑君權，并提出了具有早期民主啟蒙思想色彩的“眾治”的主張。他所提出的“天下興亡，匹夫有責”這一口號，意義和影響深遠，成為激勵中華民族奮進的精神力量。
顧炎武終身為反清事業奮斗奔波，這與國破家亡的經歷和他一直受到的良好教育有著密切關系。“昆山城陷，死難者四萬余人，顧炎武的生母何氏被清兵砍去右臂，兩個弟弟遭殺害，好友吳其沆也被捕蒙難。顧炎武奉嗣母王氏避兵于常熟，王氏聞城陷，絕食十五天死節，臨終時給顧炎武留下遺言：‘我雖婦人，身受國恩，與國俱亡，義也。汝無為異國臣子，無負世世國恩，無忘先祖遺訓，則吾可以瞑于地下。’”
1680年，顧炎武夫人死于昆山，他在妻子的靈位前痛哭祭拜，作詩說“貞姑馬鬣在江村，送汝黃泉六歲孫。地下相逢告父姥，遺民猶有一人存。”
顧炎武有詩：“萬事有不平，爾何空自苦；長將一寸身，銜木到終古？我愿平東海，身沉心不改；大海無平期，我心無絕時。”也就是說，他希望清朝滅亡，就如同精衛想平東海一樣，“身沉心不改；大海無平期，我心無絕時。” “嗚呼！君不見，西山銜木眾鳥多，鵲來燕去自成窠。”
明末
崇禎十七年（14）三月，李自成農民軍入北京，崇禎皇帝自縊；五月，清睿親王多爾袞入北京；十月，清定都北京，世祖福臨即帝位，改元順治，命豫親王多擇率大軍征服江南。明南京兵部尚書史可法（字完之，河南開封人）、鳳陽總督馬士英（字瑤草，貴州貴陽人）等擁立福王由崧為帝，五月初，在南京建立了小朝廷，年號弘光。
京師陷落的消息傳到江南，一時人心惶惶，為避戰亂，顧炎武率家人東躲西藏，到年底，遷往高舊居80余里的語濂經暫住。經昆山縣令楊永言（字岑立，云南昆明人）舉薦，行朝詔用炎武為兵部司務。
“須知六軍出，一掃定神州。”（《亭林詩集》一，《感事》）顧炎武把復仇的希望寄托在弘光小朝廷之上，他滿腔熱忱，“思有所建白”（吳映奎《顧亭林先生年譜》），撰成《軍制論》、《形勢論》、《田功論》、《錢法論》，即著名的“乙西四論”，為行朝出謀畫策，針對南京政權軍政廢弛及明末種種弊端，從軍事戰略、兵力來源和財政整頓等方面提出一系列建議。順治二年（15）五月，顧炎武取道鎮江赴南京就職，尚未到達，南京即為清兵攻占，弘光帝被俘，南明軍崩潰，清軍鐵騎又指向蘇、杭。
其時，江南各地抗清義軍紛起。顧炎武和摯友歸莊、吳其沆（字同初，上海嘉定人）投筆從戎，參加了僉都御史王永柞為首的一支義軍。諸義軍合謀，擬先收復蘇州，再取杭州、南京及沿海，一時“戈矛連海外，文檄動江東”（《亭林詩集》一，《千里》）；惜乎殘破之余，實不敵氣焰正熾的八旗精銳，義軍攻進蘇州城即遇伏而潰，松江、嘉定亦相繼陷落。顧炎武潛回昆山，又與楊永言、歸莊等守城拒敵；不數日昆山失守，死難者多達4萬，吳其沆戰死，炎武生母何氏右臂被清兵砍斷，兩個弟弟被殺，炎武本人則因城破之前已往語濂徑而僥幸得免。9天后，常熟陷落，炎武嗣母王氏聞變，絕食殉國，臨終囑咐炎武，說：“汝無為異國臣子，無負世世國恩，無忘先祖遺訓，則吾可以瞑于地下。”（《先妣王碩人行狀》）炎武悲憤欲絕，將母親的遺命謹記心田。
這年閏六月，明宗室唐王幸鍵在福州稱帝，年號隆武。經大學士路振飛（字見白，號皓月，河北曲周人）推薦，隆武帝遙授炎武為兵部職方司主事；由于嗣母新喪，炎武二時難以赴任，只能“夢在行朝執戟班”（《詩集》一，《延平使至》），但他仍然積極投身入抗清復明的斗爭。
當時，清松江提督與巡撫土國寶不和。前明兵科給事中陳子龍（字臥于，復社名士，松江人）、成安府推官顧咸正（字端木，昆山人）、兵部主事楊延樞（字維斗，江蘇吳縣人）等暗中策動吳勝兆舉義反正，咸正為炎武同宗長輩，陳子龍等都與炎武往來密切，這件事炎武也是參預了的。順治四年（17）夏，事情敗露， “幾事一不中，反覆天地黑”；（《詩集》一，《哭陳太仆》），勝兆被解往南京斬首，清廷大肆搜捕同案諸人。子龍往投炎武，炎武當時已離家出亡；于是子龍逃入顧咸正之子天遴、天逵家躲藏，不久三人即被逮，炎武多方營救，未能奏效。其間，炎武還往尋成正，“扁舟來勸君：行矣不再計”（《詩集》一，《哭顧推官》）、催促他及時出走，而咸正不聽。結果，陳子龍乘差官不注意時投水自盡，楊延樞及顧氏父子先后遇害，受此案株連而死者40余人。
在策動吳勝兆反正的同時，炎武還進行了其他一些活動。順治三年（16），炎武本打算赴福建就職方司主事之任，大約將行之際，路振飛派人與他聯系，要他聯絡“淮徐豪杰”。此后四五年中，炎武“東至海上，北至王家營（今屬江蘇淮陰），仆仆往來”（鄧之誠《清詩紀事》），奔走于各股抗清力量之間，“每從淮上歸，必詣洞庭（按即太湖）告振飛之子澤溥，或走海上，謀通消息”（同上），意圖糾合各地義軍伺機而動。
雖然弘光及閩浙沿海的隆武等南明政權先后瓦解，炎武親身參與的抗清活動也一再受挫，但是，炎武并未因此而頹喪。他以填海的精衛自比：“萬事有不平，爾何空自苦，長將一寸身，銜木到終古。我愿平東海，身沉心不改，大海無平期，我心無絕時”（《詩集》一，《精衛》），滿腔忠憤，不能自已。
清初
當崇禎末年，炎武嗣祖紹芾及兄長顧緗（字遐篆）先后去世，又逢吳中大旱，“一時喪荒賦徭猖集”（歸莊《送顧寧人北游序》），炎武無奈，曾將祖產田 800畝賤價典給昆山豪族葉方恒（字嵋初）；其時，炎武的堂叔等人為爭奪遺產，又挑起家難，他們還與本來就蓄意侵吞炎武家產的葉氏內外勾結，炎武在昆山千墩的故唐和在常熟語濂徑的住所曾幾次被這伙人洗劫及縱火焚燒。到順治七年（1650），葉方恒又企圖加害顧炎武，炎武為了避禍，只得“稍稍去鬢毛，改容作商賈”（《詩集》二，《流轉》），離開昆山出走。此后五年中，他都在吳、會之間奔波往來。
盡管遁跡商賈，炎武依然心存故國，時時關注著沿海一帶抗清斗爭的進展情況，希望能有建功立業的機會。他在《流轉》詩中寫道：“……晨上北固樓，慨然涕如雨……浩然思中原，誓言向江滸。功名會有時，杖策追光武。”當張名振（字候服，南京人）于順治十年（1653）九月在長江口大破清兵，進屯崇明（今屬上海），明年正月，又率“海艦數百”溯長江而上，直抵鎮江，并登金山遙祭孝陵（明太祖朱元璋陵，在今南京中華門外）之際，炎武為之歡忭鼓舞，他興奮地寫道：“東風吹江水，一夕向西流。金山忽動搖，塔鈴語不休。水軍十一萬，虎嘯臨皇州。巨艦作大營，飛艫為前茅。黃旗亙長江，戰鼓出中洲……沉吟十年余，不見旌旆浮，忽聞王旅來，先聲動燕幽。闔閭用子胥，鄢郢不足收。祖生奮擊揖，肯效南冠囚。愿言告同袍，乘時莫淹留。”（《詩集》二，《金山》）
這一時期，顧炎武還同歸莊、陳忱（字遐心，浙江吳興人）、吳炎（字赤溟，江蘇吳江人）、潘檉章（字力田，吳江人）、王錫闡（字寅旭，吳江人）等共結驚隱詩社，表面上以“故國遺民”“優游文酒”（汪曰楨《南潯縝志》），其實是以詩社為掩護，秘密進行抗清活動。炎武在淮安結識定交的摯友王略（字起田，淮安人）、萬壽祺（字年少，徐州人）也都是富有民族氣節的志士。
順治十一年（1654）春，顧炎武遷居南京神烈山南麓。神烈山即鐘山，三國時改名蔣山，明嘉靖中又一度改稱神烈山。三百年前，朱元璋攻克南京（當時名集慶），以此為根據地，東征西討，10余年后在南京即帝位，建立了大明帝國。炎武“遍游沿江一帶，以觀舊都畿輔之盛”（《神道表》），山川依然而人事全非，頗有不勝今昔之感。
順治十二年（1655）春季，炎武回到家鄉昆山。原來，顧氏有世仆名陸恩，因見顧家日益沒落，炎武又久出不歸，于是背叛主人，投靠葉方恒，兩人且圖謀以“通海”（即與閩浙沿海的南明集團有聯系）的罪名控告炎武，打算置之死地。炎武回昆山，秘密處決陸恩，而葉方恒又與陸之婿勾結，私下將炎武綁架關押，并迫脅炎武，令其自裁。一時“同人不平”，士林大嘩。所幸炎武知友路澤博（字蘇生）與松江兵備使者有舊，代為說項，炎武一案才得以移交松江府審理，最后，以“殺有罪奴”的罪名結案。
當事情危急之際，歸莊計無所出，只好向錢謙益求援。謙益字受之，號牧齋，常熟人，順治初曾任禮部右侍郎，是當時文壇領袖。錢氏聲言：“如果寧人是我門生，我就方便替他說話了。”歸莊不愿失去錢氏這一奧援，雖然明知炎武不會同意，還是代炎武拜謙益為師。炎武知道后，急忙叫人去索回歸莊代書的門生帖子，而謙益不與；便自寫告白一紙，聲明自己從未列于錢氏門墻，托人在通衢大道上四處張貼。謙益大為尷尬，解嘲道：“寧人忒性急了！”炎武耿介不阿的性格于此可見。
十三年（1656）春，炎武出獄。盡管歸莊等同邑知名之士極力排解，而葉方恒到此時仍不甘心，竟派遣刺客跟蹤。仲夏，炎武返鐘山，行經南京太平門外時突遭刺客襲擊，“傷首墜驢”，幸而遇救得免；嗣后，葉方恒還指使歹徒數十人洗劫炎武之家，“盡其累世之傳以去”（歸莊《送顧寧人北游序》）。這之前的幾年當中，炎武曾數次準備南下，赴福建參加沿海地區風起云涌的抗清復明事業，但由于各種原因，最終都未能成行；至此，炎武決計北游，以結納各地抗清志士，考察北中國山川形勢，徐圖復明大業。遠行避禍當然也是一個原因。
順治十四年（1657）元旦，炎武晉謁孝陵--7年之間，炎武共六謁孝陵，以寄故國之思，然后返昆山，將家產盡行變賣，從此掉首故鄉，一去不歸。是年炎武45歲。此后20多年間，炎武子然一身，游蹤不定，足跡遍及山東、河北、山西、河南，“往來曲折二三萬里，所覽書又得萬余卷”（《亭林佚文輯補·書楊彝萬壽棋（為顧寧人征天下書籍啟）后》），結識了許多志同道合的朋友；到晚年，始定居陜西華陰，直至1682年2月15日逝世。
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