功能基因組學和蛋白質組學已經能相當成功地鑒定潛在的治療靶目標的功能，例如所編碼的蛋白。事實上，鑒定人類基因組中超過10000個新的目標抗原的可能性或許加速新藥和治療分子發現過程。

“不同于通常的序列同源性，功能基因組學增加基于結構的預測，去定位具有特定功能的基因序列”，Frost&SullivanIndustry(一家著名的市場調查與咨詢公司)的分析家RajaramSankaran說。“它仔細篩查已經確定的目標群以發現重要的治療靶標。”

這些結構信息為基因增加了更豐富的注釋，有助于加快鑒定識別的過程，并有助于更清晰地了解特定分子與靶標蛋白之間的相互作用。

此外，功能基因組的研究為從遺傳角度區別病人和預測個體對藥物的反應打開了大門，使得能夠實現在個體化給藥和用藥劑量，從而使得如神經精神學領域、心血管藥物、內分泌學和腫瘤學等領域治療更為精確安全。

當功能基因組學和組合化學(combinatorialchemistry(combichem))結合起來時其威力更為顯著。(組合化學是用于新藥合成和篩選的一種全新的方法，始于90年代初，被譽為是對傳統藥物化學合成和篩選的一場“革命性突破”。它打破了逐一合成、逐一篩選的模式，以合成和篩選化合物庫的形式尋找和優化先導化合物，從而大大加快了發現藥物先導化合物的速度。組合化學把化學合成、電腦設計、計算機技術結為一體，能同時產生許多種結構相關但有序變化的化合物，然后用高度靈敏的生物學方法對這些化合物同時進行篩選，從中確定具有生物活性的物質，再經結構測定，以期找到全新的先導化合物。組合化學以其高效、微量、高度自動化的特點而很快受到世人的矚目并被許多大的制藥公司采納，成為近年來用以發現新藥先導化合物的一種重要手段。生物谷注)

隨著進入臨床實驗的原創新藥類(也作新分子實體，newmolecularentities，NMEs――生物谷注)數目的不斷增加，預期到2008年進入市場的原創新藥類將增加65%。為快速高通量藥物研發和化合物初篩而設計的新技術也將出現。

其中一種日漸流行的技術就是高通量篩選(high-throughputscreeningHTS)，可以檢測先導化合物(leadcompounds)和提供優化信息指導。HTS的發展為研究提供了大量的有利條件，如降低損耗、縮短藥物進入市場的時間和加速藥物篩選過程。

然而，盡管有快速而大量的臨床前篩選，大約30%的NME未能通過I期臨床實驗。這可能是因為臨床前實驗動物和間接體外模式(exvivo)模型不能提供正確的人體藥動學(PK)和吸收、分布，代謝和排泄(ADME)信息。

另一方面，人體試驗將為試驗中的新藥藥效提供全面的評估，最終提高藥物的效果和安全性。為實現這個目的，在臨床前篩選過程中加速質譜儀使用微量測定更快地提供人類生物利用率資料。在微量測定中，低于所需水平100倍地人類用藥劑量足夠去篩選大量地化合物并獲得早期地PK和ADME資料。這就確保了最佳地藥物候選化合物滿足I期臨床實驗的要求。人類對藥物的吸收是獲得準確PK和ADME資料的另一個方法。在初期的臨床實驗過程中，專門設計的膠囊被用于無創的目標藥物的傳遞，為被篩選的NME的提供參考。

“從這些研究中獲得的藥動學資料有助于我們詳細了解腸道某個位置對藥物吸收的復雜過程。”Sankaran說。“這一點將可能對加快決策和正確選擇恰當的藥物發展策略選擇是至關重要的。”