農藥殘留對人體健康有不良影響，同理，對野生生物和環境也有影響。野生生物也是人類大家庭必不可少的成員，因此，使用農藥也要考慮對所有野生生物的不良影響。野生動物也喝被農藥污染過的水，也吃殘留農藥的食物，也可能在噴灑農藥時直接沾染農藥。結果，野生生物的總數變少，區域分布變窄，種間平衡變壞，最終產生了重要的生態效應。

所有種群，諸如植物，細菌，病毒，微生物，昆蟲，以至魚，蝦，鳥和哺乳動物等，無一幸免。使用農藥破壞了野生生物的棲息地，也破壞了野生生物的食物來源。使用農藥也能造成野生生物大量死亡的突發事件?？茖W家研究了當年總數為558個事件，其中41%起源于農藥的使用。繼而研究了下一年的624個事件，35%來自于農藥中毒。農藥已經成為了野生生物貨真價實的天敵。

科學家認為野生生物大量死亡的最大原因是到處未加思考地濫用農藥，包括在獵食中添加農藥，引誘食肉動物上鉤，然后殺死它們。這類化學品有番木鱉堿，Alpha-氯醛糖和速滅磷等三種農藥。另外，噴灑和存儲農藥時粗心大意，也能誤殺人類的朋友。人類的好朋友和寵物貓和狗之類也不能幸免，頻頻農藥中毒。

蜜蜂如何?因農藥死亡的蜜蜂的死亡率則是高達72%。為了除蟲，向油菜上噴灑三唑磷(大鼠口服半致死劑量LD50=82毫克/公斤)，蜜蜂吸了沾染農藥的花粉也就中了毒，以致死亡;噴灑農藥的方式不當，更加劇了蜜蜂的大量死亡。蜂蜜因此也有有機磷農藥殘留，買蜂密時全面的村鎮信息共享要注意產品說明書。

魚鷹和水獺也免不了遭惡運。河魚有較高農藥殘留，也威脅到食魚的鳥獸，如魚鷹和仙鶴，水獺等，也會中毒死亡。

野鴿快滅種了。現在野鴿數量愈來愈少，科學家查到野鴿體內有有機氯農藥殘留。他們收集到122個樣本，其中42%含有DDT的代謝產物，其中三例還超過了最大容許值;41%查出了林丹。