上世紀50年代末至60年代初，水稻品種矮稈化和70年代秈型雜交稻的三系配套是現代水稻育種史上的兩個重要里程碑。從遺傳學的角度說，水稻育種史上的這兩個突破，可簡單歸結為矮稈基因和野敗胞質的利用。面對當今新的形勢，水稻育種第三次突破口在哪里?10月18日，我國一批年青的水稻遺傳育種科技人員群英匯集中國水稻研究所，參加水稻生物學國家重點實驗室組織的“利用生物技術開發水稻育種新材料”國際水稻育種峰會。在這次水稻育種高峰會上，“基因設計育種”將成為第三次水稻育種的突破口這一新的觀點的提出，引起與會國內外水稻育種專家的關注。

　　“基因設計育種”就是在水稻全基因組測序完成后，在主要農藝性狀基因功能明確的基礎上，通過有利基因的剪切、聚合，培育在產量、米質、抗性等多方面突破的超級稻新品種。中國水稻研究所所長程式華博士說，目前水稻品種的遺傳基礎單一，迫切需要加大投入研發。新的突破，一定要與基因技術相結合。我國第一、二次水稻育種上的突破帶有一定的偶然性，而第三次突破就要主動進行基因設計育種。但基因在哪里，因此“基因設計育種”就顯得很重要。

　　據了解，目前，中國水稻研究所正參與國家功能基因組計劃的研究，主要承擔水稻突變體的創制，主要農藝性狀基因的功能分析。第一步，主要通過分子標記技術或轉基因技術，聚合或轉移有利性狀，培育超級稻新品種，主要在產量或抗性或米質上突破。

　　水稻生物學國家重點實驗室孫宗修研究員說，常規育種要有新的技術平臺，生物技術需要載體，才能顯示其強大生命力，“基因設計育種”或許就是兩者的結合點。“基因設計育種”是一個系統工程，需要精密設計，精誠合作，精確試驗，保證出一批突破性成果。他說，“基因設計育種”要注意避免轉基因可能存在的一些負面效應。比如，會不會影響生物多樣性，如何確保環境安全，確保糧食的安全性。因此，任務很重，困難很大。

　　水稻生物學國家重點實驗室錢前博士說，當前水稻生產需要在種子創新上突破。目前水稻第三次突破的技術日趨成熟，我國水稻全基因組測序已完成，目前正投入功能基因組研究。

　　“基因設計育種”會不會成為我國水稻育種史上的第三次突破口，我國水稻育種專家為此正在研討，并將通過各種試驗加以論證。但不管怎么說，初步確定水稻第三次突破有一個突破口方向是這次國際研討會一個重要的成果。這次會議之所以引人關注，也在于會議主題的重要性，也是中國水稻所水稻生物學農業部重點實驗室成為國家重點實驗室之后召開的第一次國際水稻研究會議。日本、埃及等國家的水稻育種專家，中科院院士、中國科學院遺傳與發育生物學研究所所長李家洋等一批年青水稻科學家參加了研討，各自發表了有見地的論文和觀點。