沙俄政府在雅克薩失敗以后，并不甘心，就在尼布楚條約簽訂的第二年，又唆使準(zhǔn)噶爾部(蒙古族的一支)的首領(lǐng)噶爾丹進(jìn)攻漠北蒙古。

那時候，蒙古族分為漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三個部分。除了漠南蒙古早已歸屬清朝外，其他兩部也都臣服了清朝。準(zhǔn)噶爾是漠西蒙古的一支，本來在伊犁一帶過游牧生活。自從噶爾丹統(tǒng)治準(zhǔn)噶爾部以后，他野心勃勃，先兼并了漠西蒙古的其他部落，又向東進(jìn)攻漠北蒙古。漠北蒙古抵抗一陳失敗了，幾十萬的漠北蒙古人逃到漠南，請求清朝政府保護(hù)。康熙帝派使者到噶爾丹那里，叫他把侵占的地方還給漠北蒙古。噶爾丹自以為有沙俄撐腰，十分驕橫，不但不肯退兵，還以追擊漠北蒙古為名，大舉進(jìn)犯漠南。

康熙帝召集大臣宣布他決定親征噶爾丹。他認(rèn)為噶爾丹氣勢洶洶，野心不小，既然打進(jìn)來，非反擊不可。公元1690年，康熙帝分兵兩路：左路由撫遠(yuǎn)大將軍福全率領(lǐng)，出古北口;右路由安北大將軍常寧率領(lǐng)，出喜峰口，康熙帝親自帶兵在后面指揮。

右路清軍先接觸噶爾丹軍，打了敗仗。噶爾丹長驅(qū)直入，一直打到離開北京只有七百里的烏蘭布通(今內(nèi)蒙古昭烏達(dá)盟克什克騰旗)。噶爾丹得意揚揚，還派使者向清軍要求交出他們的仇人。

康熙帝命令福全反擊。噶爾丹把幾萬騎兵集中在大紅山下，后面有樹林掩護(hù)，前面又有河流阻擋。他把上萬只駱駝，縛住四腳躺在地上，駝背上加上箱子，用濕氈毯裹住，擺成長長的一個駝城。叛軍就在那箱垛中間射箭放槍，阻止清軍進(jìn)攻。

清軍用火炮火槍對準(zhǔn)駝城的一段集中轟擊，炮聲隆隆，響得震天動地。駝城被打開了缺口。清軍的步兵騎兵一起沖殺過去，福全又派兵繞出山后夾擊，把叛軍殺得七零八落，紛紛丟了營寨逃走。

噶爾丹一看形勢不利，趕快派個喇嘛到清營求和。福全一面停止追擊，一面派人向康熙帝請示。康熙帝下令說：“快進(jìn)軍追擊!別中了賊人的詭計。”果然，噶爾丹求和只是緩兵之計，等清軍奉命追擊的時候，噶爾丹已經(jīng)帶了殘兵逃到漠北去了。

噶爾丹回到漠北，表面向清朝政府表示屈服，暗地里重新招兵買馬。公元1694年，康熙帝約噶爾丹會見，訂立盟約。噶爾丹不但不來，還暗地派人到漠南煽動叛亂。他揚言他們已經(jīng)向沙俄政府借到鳥槍兵六萬，將大舉進(jìn)攻。內(nèi)蒙古各部親王紛紛向康熙帝告發(fā)。

公元1696年，康熙帝第二次親征，分三路出擊：黑龍江將軍薩布素從東路進(jìn)兵;大將軍費楊古率陜西，甘肅的兵，從西路出兵，截?fù)舾翣柕さ暮舐?康熙帝親自帶中路軍，從獨石口出發(fā)。三路大軍約定時期夾攻。

康熙帝的中路軍到了科圖，遇到了敵軍前鋒，但東西兩路還沒有到達(dá)，這時候，有人傳說沙俄將要出兵幫助噶爾丹。隨行的一些大臣就有點害怕起來，勸康熙帝班師回北京。康熙帝氣憤地說：“我這次出征，沒有見到叛賊就退兵，怎么向天下人交代;再說，我中路一退，叛軍全力對付西路，西路不是危險了嗎?”

當(dāng)下，康熙帝決定繼續(xù)進(jìn)兵克魯倫河，并且派使者去見噶爾丹，告訴他康熙帝親征的消息。噶爾丹在山頭一望，見到康熙帝黃旗飄揚，軍容整齊，連夜拔營撤退。

康熙帝一面派兵追擊，一面趕快通知西路軍大將費揚古，要他們在半路上截?fù)簟?/p>

噶爾丹帶兵奔走了五天五夜，到了昭莫多(在今蒙古人民共和國烏蘭巴托東南)正好遇到費揚古軍。昭莫多原是一座大樹林，前面有一個開闊地帶，歷來是漠北的戰(zhàn)場。費揚古按照康熙帝的部署，在小山的樹林茂密地方設(shè)下埋伏，先派先鋒四百人誘戰(zhàn)，邊戰(zhàn)邊退，把叛軍引到預(yù)先埋伏的地方，清軍先下馬步戰(zhàn)，聽到號角聲起，就一躍上馬，占據(jù)了出頂。叛軍向山頂進(jìn)攻，清軍從山頂放箭發(fā)槍，展開了一場激戰(zhàn)。費揚古又派出一支人馬在山下襲擊叛軍輜重，前后夾擊。叛軍死的死，降的降。最后，噶爾丹只帶了幾十名騎兵脫逃。

經(jīng)過兩次大戰(zhàn)，噶爾丹判亂集團土崩瓦解，康熙帝要噶爾丹投降，但是噶爾丹繼續(xù)頑抗。隔了一年，康熙帝又帶兵渡過黃河親征。這時候，噶爾丹原來的根據(jù)地伊犁已經(jīng)被他侄兒策妄阿那布坦占領(lǐng);他的左右親信聽說清軍來到，也紛紛投降，愿意做清軍的向?qū)А８翣柕ぷ咄稛o路，就服毒自殺。

打那以后，清政府重新控制了阿爾泰山以東的漠北蒙古，給當(dāng)?shù)孛晒刨F族各種封號和官職。清政府又在烏里雅蘇臺設(shè)立將軍，統(tǒng)轄漠北蒙古。

后來，噶爾丹的侄兒策妄阿那布坦攻占西藏。公元1720年，康熙帝又派兵遠(yuǎn)征西藏，驅(qū)逐了策妄阿那布坦，護(hù)送達(dá)賴?yán)锪肋M(jìn)藏。以后，清政府又在拉薩設(shè)置駐藏大臣，代表中央政府同達(dá)賴、班禪共同管理西藏。