首先是毒性問題。盡管到目前為止并沒有有說服力的研究報(bào)告表明這些改良品種有毒，但一些研究學(xué)者認(rèn)為，對(duì)于基因的人工提煉和添加，可能在達(dá)到某些人們想達(dá)到的效果的同時(shí)，也增加和積聚了食物中原有的微量毒素。這種毒素的積累是個(gè)相當(dāng)長(zhǎng)的過程，但它確實(shí)可能正在進(jìn)行中，因此目前誰也不能確保這些改良品種沒有毒。

其次是過敏反應(yīng)問題。對(duì)于一種食物過敏的人有時(shí)還會(huì)對(duì)一種以前他們不過敏的食物產(chǎn)生過敏，比如：科學(xué)家將玉米的某一段基因加入到核桃、小麥和貝類動(dòng)物的基因中，蛋白質(zhì)也隨基因加了進(jìn)去，那么，以前吃玉米過敏的人就可能對(duì)這些核桃、小麥和貝類食品過敏。

第三是營(yíng)養(yǎng)問題?？茖W(xué)家們認(rèn)為外來基因會(huì)以一種人們目前還不甚了解的方式破壞食物中的營(yíng)養(yǎng)成分。

第四是對(duì)抗生素的抵抗作用。當(dāng)科學(xué)家把一個(gè)外來基因加入到植物或細(xì)菌中去，這個(gè)基因會(huì)與別的基因連接在一起。人們?cè)诜昧诉@種改良食物后，食物會(huì)在人體內(nèi)將抗藥性基因傳給致病的細(xì)菌，使人體產(chǎn)生抗藥性。

第五是對(duì)環(huán)境的威脅。在許多基因改良品種中包含有從桿菌中提取出來的細(xì)菌基因，這種基因會(huì)產(chǎn)生一種對(duì)昆蟲和害蟲有毒的蛋白質(zhì)。在一次實(shí)驗(yàn)室研究中，一種蝴蝶的幼蟲在吃了含桿菌基因的馬利筋屬植物的花粉之后，產(chǎn)生了死亡或不正常發(fā)育的現(xiàn)象，這引起了生態(tài)學(xué)家們的另一種擔(dān)心，那些不在改良范圍之內(nèi)的其它物種有可能成為改良物種的受害者。

最后，生物學(xué)家們擔(dān)心為了培養(yǎng)一些更具優(yōu)良特性，比如說具有更強(qiáng)的抗病蟲害能力和抗旱能力等，而對(duì)農(nóng)作物進(jìn)行的改良，其特性很可能會(huì)通過花粉等媒介傳播給野生物種。