有些氫基酸除了在體內同其它氨基酸組成新的蛋白質外，還有一些其它特殊生理功能：

(1)同型半胱氨酸的生理功能：同型半骯氨酸不是我們常見的二十幾種氨基酸的一種。但它可以通過骯氨酸進行互變。如果同型半骯氨酸在血液中的濃度升高會增加堵塞血管的危險，其危險性比膽固醇高三倍。由于同型半骯氨酸可對血管內皮細胞造成損害，增加體內血小板血栓的產生，導致動脈硬化及栓塞，腦梗塞患者血漿中游離的半胱氨酸及同型半胱氨酸水平比正常人和腦出血的高。因此，對高危人群，如高血壓、糖尿病等病人可以通過檢測半骯氨酸的含量，發現濃度升高者，應提高警惕并予以預防。近期研究表明有大量證據支持血液同型半骯氨酸水平是冠心病的獨立危險因素。也就是說，同型半耽氨酸的水平與冠心病的發生有密切關系。這種氨基酸比膽固醇容易消除，一方面我們可以減少含硫多的氨基酸食物的攝人，另一方面可多食蔬菜、水果、魚類，增加體內葉綠素、維生素B6、Blz的攝入量，使半骯氨酸、胱氨酸轉變為蛋氨酸，從而降低骯氨酸的水平，減少對血管的損傷，同時減少冠心病的發生。

(2)支鏈氨基酸的生理功能：支鏈氨基酸包括亮氨酸、異亮氨酸、纈氨酸，這三種氨基酸都是必需氨基酸。在結構上這三種氨基酸都有相同的分支側鏈，故稱為支鏈氨基酸。支鏈氨基酸是唯一在肝外代謝的氨基酸，主要在骨骼肌，約占骨骸肌蛋白質的必需氨基酸的35%，是體內主要供能的氨基酸。

①節省肌肉消耗，減少負氮平衡。

由于支鏈氨基酸主要在骨骸肌中進行分解代謝，當機體受到創傷、嚴重感染、燒傷等疾病時，體內代謝處于高分解狀態，特別是肌肉蛋白質大量分解產生支鏈氨基酸作為維持機體能量的主要來源而被大量消耗。血漿出現支鏈氨基酸水平下降，人體逐漸消瘦，這種現象被人們稱作“自我食人肉”現象。因此，對類似上述高分解代謝的疾病要在給予高能量的同時，注意支鏈氨基酸的補充。

②支鏈氨基酸在肝性腦病的治療中起重要作用。

肝硬化或肝性腦病的病人在氨基酸代謝方面的特點是血漿支鏈氨基酸含量下降，芳香族氨基酸(苯丙氨酸、酪氨酸)含量升高。芳香族氨基酸進入腦組織后能釋放一種抑制性神經遞質，這種神經遞質抑制大腦皮層而出現肝性腦病的肝昏迷。而恰恰是支鏈氨基酸和芳香族氨基酸是由一個載體轉運通過血腦屏障，二者競相與載體結合，當支鏈氨基酸濃度高時，抑制芳香族氨基酸進入腦組織。因此，臨床上用支鏈氨基酸治療肝昏迷。那么如何衡量支鏈氨基酸與芳香族氨基酸的多少呢?人們常常用支鏈氨基酸與芳香族氨基酸的比值來衡量，正常人的比值是3.0。3.5，而肝硬化伴肝昏迷患者常常降低到1.5以下，在給予病人支鏈氨基酸后，肝昏迷很快緩解，這是其它抗昏迷藥物不可能辦到的。

(3)3—甲基組氨酸的生理功能：3—甲基組氨酸是肌肉中肌動蛋白、肌球蛋白分解時，組氨酸經甲基化形成的物質。體內3—甲基組氨酸全部存在于骨骼肌的肌動蛋白和肌球蛋白中，一旦分解釋放出來就不再被利用，而從尿中排出，臨床上把它作為評價蛋白質營養狀態及骨骼肌分解代謝情況的指標。營養不良兒童3—甲基組氨酸尿排出量降低，營養得到補充后則可升高。長期饑餓或減肥者尿3—甲基組氨酸排出量下降。

(4)天門冬氨酸的生理功能：天門冬氨酸是一種非必需氨基酸。前面已說過，非必需氨基酸并不是身體不需要，而是它不一定非從飲食供給，而可以在體內用其它物質合成。天門冬氨酸就是這樣的氨基酸，在體內亦有著重要的生理功能。天門冬氨酸對細胞有較強的親合力特別是對線粒體內的能量代謝、氮代謝起著重要作用。另外在中樞神經系統和脊索某些部位有興奮神經遞質作用，臨床廣泛用于下列方面：

用于治療肝炎、肝硬化、肝昏迷。天門冬氨酸與鳥氨酸生成的鹽在體內尿素循環中起重要作用。因此，它可以延緩氨中毒，改善肝功能，其退黃、降酶作用均較顯著，并能促進酒精代謝，減少酒精對肝臟的損傷。

天門冬氨酸可用于治療缺鐵性貧血。天門冬氨酸可與鐵形成螯合物，能增加胃腸道對鐵的吸收。天門冬氨酸鉀鹽對于手術前后使用降壓利尿劑、甾體激素、胰島素等出現的低血鉀癥狀有較好的治療效果。天門冬氨酸還用于洋地黃中毒所引起的心律不齊、心肌炎后遺癥、慢性心功能不全及冠心病的輔助治療。

(5)蛋氨酸的生理功能：蛋氨酸是一個含硫的必需氨基酸，又稱甲硫氨酸。在人體代謝中，可合成膽堿和肌酸。膽堿是一種抗脂肪肝的物質，對由砷劑、巴比妥類藥物、四氯化碳等有機物質引起的中毒性肝炎，蛋氨酸有治療和保護肝功能作用。

(6)色氨酸的生理功能：色氨酸是一種必需氨基酸。它在體內能轉變為許多生理上重要的活性物質，如5-羥色胺及煙酸的前體，5—羥色胺是人體重要的神經遞質。在臨床上，色氨酸可用于治療支氣管哮喘，尤其對已確定抗原的青少年哮喘效果較好，對無感染型哮喘也有一定效果。色氨酸還可以抗過敏，對于季節性鼻炎、急慢性過敏性結膜炎及春季角膜結膜炎、過敏性濕疹以及食物引起的腸道過敏反應都有較好的療效。

(7)賴氨酸的生理功能：賴氨酸是人體必需氨基酸之一。前面已提到，賴氨酸在谷類中含量低，是第一限制氨基酸。賴氨酸在人體有重要的生理功能。它是合成大腦神經再生性細胞和核蛋白以及血紅蛋白等重要蛋白質的必需氨基酸，也是目前應用比較廣泛的氨基酸，特別是對嬰幼兒、孕婦的補充有很重要的意義。

處在發育期的嬰幼兒，由于各個器官均處于生長發育階段，對于蛋白質的營養要求較高，特別是對質量要求較高，如果賴氨酸缺乏，就會造成蛋白質的嚴重缺乏，影響嬰幼兒的生長發育，甚至引起智力發育障礙以及極易感染各種疾病。避免賴氨酸缺乏的最好辦法就是前面提到的蛋白質互補的辦法，提倡食品多樣化，特別是與豆類、動物類食品互補。當然，適當吃些強化賴氨酸的食品也可。

綜上所述，各種氨基酸對臨床疾病的特殊療效已越來越受到醫學界的重視，隨著科學的進步，應用氨基酸治療疾病將會進一步發展。