1998年6月20日 (農歷五月廿六)，云居寺宣布將把千年石經放入地穴。
石刻大唐三藏法師玄奘攜回的佛教典籍（局部）
在1998年6月20日召開的“石經回歸”新聞發布會上，有關方面負責人說，由于技術手段欠缺，長期受大氣嚴重污染，1957年從國家重點文物保護單位北京云居寺出土的佛教石刻經板已“嚴重風化”。為了更好地保存這批重點文物，1999年9月9日將其回歸地穴珍藏。
據史載，最早主張把佛經刻在石頭上的是北齊南岳天臺宗高僧慧思。第一個將此事付諸實施的是他的弟子靜琬。從1300多年前的隋代大業年間開刻，歷經遼、金、元、明數代千年，無數僧人辛勤勞作，共刻出佛經1122部3572卷、14278塊石經。完工后藏于云居寺附近石經山9個藏經洞，和寺內壓經塔下的地穴中。
佛學家說，這些石經包容了佛經的經典要著，遼金刻經以《契丹大藏經》為藍本，可以校正存世佛經的舛訛。靜婉生前曾留下刻經主旨：“此經為未來佛法難時擬充經本，世若有經，愿勿輒開。”但后人未遵循此言。
據北京市文物局局長梅寧華介紹，1957年從云居寺南塔附近出土遼，金時代刊刻石經板共計10082塊。置入的展室，實為庫房，既不利于向世人展示，又不利于保護。41年來，文物部門與有關專家雖多方設法保護，但至今未能從根本上解決問題。現在，有的石經板字面已脫皮，有的整塊下掉，有的表面呈粉末狀，有的大面積文字脫落。
專家認為，把這些石經重新放歸原埋藏處的壓經塔地穴封藏，是目前防止石經風化的最佳方案。
雷音洞內珍藏的佛舍利是隋大業十二年（公元616年）安置存入洞內的。明萬歷二十年（公元1592年）重放入石函內。于1981年發現的，僅存三粒半，被視為“國之重寶”。