1997年11月12日 (農歷十月十三)，李登輝不承認大陸大學學歷。
臺灣“教育部”于1997年10月底剛剛宣布承認祖國大陸73所大學學歷，而國民黨發言人蔡壁煌11月初卻透露，李登輝對承認學歷一事要“急剎車”，并點名責備“教育部長”吳京決策“太過草率”。此事經媒體披露后，島內各界一片驚訝，認為如果采認祖國大陸學歷政策急轉彎，無疑是顯示李登輝當局在兩岸經貿上的“戒急用忍”之策也將在文化交流方面實施。
臺灣“教育部”承認祖國大陸學歷的決定，是“行政院”和“陸委會”討論了5年多才通過的，“教育部”曾組成專案小組來祖國大陸實地考察，在1032所大專院校中，選擇了73所學校為首批采認名單，并經臺灣“教育部”與“陸委會”研議多年才作出決定，最后由“行政院”核定此案。如今，李登輝一聲喊停，已經決定了的事情說變就變，一些相關的政府官員則不是推卸責任，就是噤若寒蟬。
臺灣《聯合報》一篇短評指出，李登輝大權獨攬，不受監督，信口開河，語無倫次，在內外政策上已經給臺灣人民帶夾巨大損失，“如此罔顧民意的執政者算什么民主國家？算什么民主政治？只讓人民看到了不折不扣的權力的傲慢！”短評還痛斥李登輝“成何體統”。
11月12日，《聯合報》針對承認祖國大陸學歷一事發表一篇題為《到底誰是決策者？》的社論指出，在年底選舉期間李登輝批評采認祖國大陸學歷，可能是爭取選票的一種手法，執政當局顯然認定，在選舉期間，掀起兩岸議題的爭議是最能愚弄選民的政策，同時也證明“最高領袖”的“決策權威”。
臺灣東吳大學校長劉源俊對此發問：臺灣可以采認其他國家教學品質中等的大學學歷，為什么獨獨排除祖國大陸優秀的大學？
他說，臺灣地區早就承認歐洲、美國和日本的學歷，如果這時候再不面對現實而坦承祖國大陸的學歷，實際上是一種怯懦的表現。
雖然李登輝對承認祖國大陸的學歷橫加阻撓，吳京仍表示，祖國大陸學歷采認一定要做，因為在臺灣合法居留的祖國大陸人士和在祖國大陸就讀的臺商子女，學歷都需要認證。他說，73所大專院校只占大陸所有大專院校的7%，承認祖國大陸學歷對臺灣私立大學也沒有影響--何況他們贊同這頂政策。
據臺灣《中時晚報》報道，就在臺灣高層爭議祖國大陸學歷采認問題之際，祖國大陸已積極配合臺灣開放祖國大陸學歷的政策而在島內展開招生作業。承辦祖國大陸大學招生工作的澳門基金會有關人士表示，祖國大陸大學研究所訂于1997年12月2日至31日報名，1998年4月5日和6日考試，招生的大學有北大、清華，人大、復旦、南京，廈門、山東、武漢，中山、四川聯大、西北大學、中國政法大學等共100多所大學，其中包括臺灣“教育部”認可的73所大學。
據悉，目前已有愈來愈多的臺灣學生索取祖國大陸方面的招生簡章。臺灣學生最希望前往祖國大陸修讀碩士和博士學位的類科為法律、音樂、文學和理工。
祖國大陸大學的學歷是為世界所承認的，并不在乎臺灣是否承認。在北大讀書的臺灣學生表示，臺灣學生決定到祖國大陸求學時，就不在乎學歷是否獲得臺灣當局的承認。他們說，北京大學是世界十大名校之一，美、英、法等國都承認其學歷。臺灣學生從北大畢業后，到美國繼續深造，根本不存在學歷承認與否的問題。臺灣當局挑起兩岸議題的爭議是為了拉選票，他們慣用的手法是以“威脅臺灣安全”嚇唬老百姓，認為承認祖國大陸學歷后，臺灣學生會愈來愈多的到祖國大陸求學，“學生被中共統戰，將構成對臺灣安全的威脅”，這種想像未免太夸張、荒唐了！
實際上，祖國大陸方面一直都承認臺灣的大學學歷。而祖國大陸的學歷在兩岸交流10多年后才獲臺灣通過部分承認，而且還馬上受到李登輝的破壞干擾，連島內人士也連呼“咄咄怪事”，“豈有此理！”