第一個淵源：源于官職，出自秦、漢朝時期秘祝之官，屬于以官職稱謂為氏。

據史籍《姓氏考略》記載：“漢有秘祝之官，以官為氏，望出天水。其后裔以官名秘為姓。”

秦朝以來有所謂“秘祝”之官，最早由戰國末期秦國宰父呂不韋秘密創立，以維護秦始皇嬴政的功德尊嚴，漢朝時期沿襲之。

“秘祝”的主要任務是，凡當有帝王國君有不詳的災難、禍事、過錯等發生，就將其移過于指定的臣子名下，由該臣子承擔災過，這個過程稱為“秘祝”。其職能，類似于戰國初、中期的各諸侯國宮廷卜師或太史令“行褂”。不過，卜師或太史令是公開“行褂占卜”、祈算福禍，而“秘祝”則是當已發生災禍或有災禍苗頭時，或氏在帝王國君有過錯時，將其秘密地轉嫁給臣子或民眾。當然，“秘祝”有時也有在帝王的旨意下將祥福之事秘密轉移給親信臣子之事，但畢竟極少。

“秘祝”之官由王族貴胄或帝王極其親信之人擔當，僅對帝王一人負責，多為世襲，權勢極大。漢文帝劉恒對此官職曾深感痛惡，他在漢前元十三年(公元前166年)下詔，廢除了“秘祝”之官職，并且對眾大臣聲明：“即便是百官的錯誤和罪過，也要由皇帝來負責!”由此，開啟了漢王朝“文景之治”的宏偉篇章，為后來的漢武帝創建雄居東方的大漢帝國奠定了基礎。

“秘祝”的后裔以其官職之稱為姓氏，以念先族威赫，世代相傳，稱秘氏。

第二個淵源：源于姜姓，出自十六國時期隴西南安郡古西羌豪族，屬于漢化改姓為氏。

著名漢朝史學家范曄在《后漢書》中記載：“西羌之本，出自三苗，姜姓之別也。其國近南岳。”又據史籍《西秦錄》記載，“秘姓為西羌姓，出南安郡西羌豪門，其首領秘宜曾帥諸羌胡五萬余人歸降于西秦國。”

公元385年11月，代鎮使持節、都督討西胡諸軍事、鎮西將軍乞伏國仁，在苑川河畔建立了西秦國，東征西討，使西秦國雄傲一時，位于南安郡(今甘肅隴西)的西羌族豪門首領秘宜，將所統部族歸附于乞伏氏所建西秦國。這部分西羌族人的后裔中，有人取其氏族首領“秘宜”的漢字諧音為姓氏，稱秘氏。

南安郡：西漢時期置縣，治所在狄道(今甘肅隴西)。東漢中平五年(公元188年)分漢陽郡再置郡，治所亦在狄道(今甘肅隴西渭水南岸)，其時轄地在甘肅隴西縣東部及定西、武山縣一帶地區。南北朝時期的梁國天監年間(公元502～519年)亦置南安郡，其時轄地在今甘肅省西部各縣，為全省三郡之一，轄興、泉、漳三地。隋朝開皇九年(公元589年)改郡為縣。

天水郡：西漢元鼎三年(公元前441年)置郡，治所在平襄(今甘肅通渭)，其時轄地在今甘肅省通渭縣、秦安縣、定西縣、清水縣、莊浪縣、甘谷縣、張家川縣及天水市西北部、隴西東部、榆中東北部地一帶地區。東漢永平十七年(公元74年)改為漢陽郡。三國時期曹魏仍改為天水郡。西晉時期移治到上邽(今甘肅天水)，北魏時期仍改回為天水郡，其時轄地在今甘肅省天水市、秦安縣、甘谷縣等市縣一帶地區。